Bom dia Raphael,
O status na nota como 06 significa alguma ação direta na NF-e, ou seja, não há lote envolvido.
Verifique se é um cancelamento, inutilização ou então NFESC (Status query).
Daí de acordo com a data e hora busque na transação SXI_MONITOR pela mensagem e veja se tem algum problema (bandeira vermelha, bola vermelha ou bola verde), bandeira quadriculada é processo finalizado ok.
Antes disso, veja se tem alguma fila parada na SMQ1 / SMQ2.
Atenciosamente, Fernando Da Rós